APEC是本地区重要的经济合作组织之一，共有五个层次的运作机构。

领导人非正式会议
　　 亚太经济合作组织1989年成立后的最初三年，每年举行部长级会议。1993年11月20日第一届亚太经济合作组织领导人非正式会议在离西雅图市中心8海里的布莱克岛举行， 这是该组织成立以来举行的第一次最高级别会议，大多数成员国派出国家元首或政府首脑出席。中国国家主席江泽民也出席了这一会议。此后，领导人非正式会议每年下半年举行。自1993年起，共举行了11次，分别在美国西雅图、印尼茂物、日本大阪、菲律宾苏比克、加拿大温哥华、马来西亚吉隆坡、新西兰奥克兰、文莱、中国上海、墨西哥洛斯卡沃斯、泰国曼谷举行。2000年11月在文莱举行了第八届领导人非正式会议。2001年12月在上海举行了第九届领导人非正式会议。

部长会议
　　APEC的部长会议分为APEC部长级会议和APEC专业部长级会议。 部长级会议实际是“双部长”会，即各成员的外交部长（中国香港和中国台北除外）和经济部长（或者外贸部长、商业部长等）会议，每年的领导人非正式会议前举行。始于1989年11月。 专业部长级会议，是指讨论中小企业、旅游、环保、教育、科技、通信等问题的部长会议。 　　

高官会议
　　APEC高官会议是APEC的协调机构，每年举行3-4次会议，该会议始于1989年11月。高官会议一般由各成员司局级或大使级官员组成，提出议题，相互交换意见，协调看法，归纳集中，然后提交部长会议讨论。会议主要任务是负责执行领导人和部长会议的决定，并为下次领导人和部长会议做准备。因此，有人把高官会议称为部长会议的“实际工作部门”，高官会对上向部长级会议负责，对下总体协调APEC各委员会和工作组的工作，是APEC的核心机制。

贸易投资委员会
　　工作领域：关税、非关税措施、服务、投资、标准一致化、海关程序、知识产权、竞争政策、政府采购、放宽管制、原产地规则、争端调解、商务人员流动、乌拉圭回合结果执行、信息收集和分析。
下属机构：市场准入组、服务工作组、投资专家组、标准一致化分委会、海关程序分委会、知识产权专家组、政府采购专家组、争端调解专家组、竞争与放宽管制工作组、商务人员流动专家组、乌拉圭回合结果执行和原产地规则工作组。